มิโนรุ ชิโรตะ เกิดในหมู่บ้านอินาดานิ เมืองอีดะ จังหวัดนางาโนะ ครอบครัวของเขามีฐานะร่ำรวย มีอาชีพขายส่งกระดาษ และเลี้ยงไหม สมัยเด็ก มิโนรุได้เรียนหนังสือที่โรงเรียนในหมู่บ้านจนถึงชั้นประถมปีที่ 2 ต่อจากนั้นก็ไปเข้าเรียนที่โรงเรียนริวโอดะ ซึ่งอยู่อีกฟากหนึ่งของภูเขา เดิมทีมิโนรุเก่งวิชาคณิตศาสตร์ แต่อ่อนทางด้านภาษา แต่ก็ได้คุณครูฟูกูจิ ฮาชิซูเมะ ช่วยเอาใจใส่ดูแล จนทำให้เขามีผลการเรียนที่ดีเยี่ยม

ปี ค.ศ. 1918 หลังสำเร็จการศึกษาจากโรงเรียนอีดะ มิโนรุก็เลือกที่จะเรียนต่อทางสาขาวิชาการแพทย์ ตามที่บิดาของเขาต้องการ โดยเลือกสอบเข้าโรงเรียนที่เมืองเซ็นได จังหวัดมิยางิ (ปัจจุบันคือมหาวิทยาลัยโทโฮกุ) ชีวิตการเรียนตลอด 3 ปีที่เซนไดของเขาเปี่ยมไปด้วยความสุข เนื่องจากได้ใช้ชีวิตอย่างอิสรเสรี และมีเพื่อนฝูงมากมาย โดยเวลาที่ว่างจากชั่วโมงเรียน เขามักจะออกไปดูภาพยนตร์กับเพื่อนๆ มิโนรุสนใจในภาพยนตร์มาก จนครั้งหนึ่ง เขารู้สึกอยากจะเป็นผู้อำนวยการสร้างภาพยนตร์มากกว่าเป็นแพทย์เสียอีก แต่สุดท้ายเขาก็ไม่ได้เปลี่ยนใจ หลังสำเร็จการศึกษาจากโรงเรียนที่เซนได มิโนรุยังคงตัดสินใจที่จะเข้าเรียนต่อในมหาวิทยาลัย สาขาแพทยศาสตร์ เช่นเดิม

ทว่า ไม่นานนัก ที่ญี่ปุ่นก็เกิดสงคราม มิโนรุผู้มีนิสัยเกลียดการทะเลาะวิวาท จึงได้ย้ายไปอาศัยอยู่ในเมืองอันสุขสงบอย่างเกียวโต จากนั้นในปี ค.ศ. 1921 เขาก็สอบเข้ามหาวิทยาลัยเกียวโตเตโกคุ มิโนรุตั้งใจที่จะศึกษาเกี่ยวกับเชื้อ จุลินทรีย์ ที่ก่อให้เกิดโรคภัยหลายชนิด โดยเฉพาะโรคบิด และโรคท้องร่วงในเด็ก โดยมีศาสตราจารย์เค็นจิ คิโยโนะ คอยดูแลและติดตามการค้นคว้าวิจัยของเขาอยู่ห่าง ๆ